El juego transcurre inmediatamente tras el final del anterior, y no avanza mucho más que algunos meses más adelante. Raphael confrontó a Nightmare para poseer Soul Edge, pero se vio derrotado y a punto de morir. Con sus últimas fuerzas Raphael logra atravesar el ojo de Soul Edge, descontrolando a Nightmare y otorgándole a la mente de Siegfried su oportunidad para restaurar su cuerpo. Siegfried logra liberarse del control de Soul Edge y observa cómo con la luz Soul Calibur reaparece. Siegfried clava Soul Calibur en Soul Edge, sellando ambas espadas. Tras arrojar la armadura de Nightmare, Siegfried parte con ambas espadas buscando una manera de sellar Soul Edge definitivamente.