Algunos errores se pueden de encontrar dentro de la historia. Según la línea de tiempo que J.K. Rowling entregó, Harry Potter y el prisionero de Azkaban se ubica en 1993-1994. Sin embargo, cuando recién comienzan clases con la Profesora Trelawney, ella le dice a Lavender, "Eso que temes sucederá el viernes 16 de octubre" (página 91 de la edición Salamandra). Más adelante en el libro, Lavender dice que algo malo le ha pasado ese día, y es identificado como viernes 16 de octubre. Pero en 1993, 16 de octubre cayó miércoles, no viernes.

Otro error se puede encontrar en la aventura de Harry y Hermione en su viaje en el tiempo. La primera vez que salen del Sauce Boxeador, después de descubrir que Sirius era inocente, todos salen en un orden específico. Este orden cambia cuando Harry y Hermione vuelven en el tiempo, y se ven a ellos mismos junto a los demás saliendo del árbol.

Al final del libro, Lupin dice que toma la poción matalobos una semana antes de la luna llena. Sin embargo, esa noche es luna llena y Snape les descubre porque ha entrado en el despacho de Lupin para darle su poción. No obstante existe la posibilidad de que tenga que tomarla durante toda la semana.