Comienza con la explicación de la muerte de un prominente profesor de la Universidad de Miskatonic y un estudio de sus documentos. Éstos incluyen un informe sobre un ataque en un culto satánico. Una investigación sobre los cultistas saca a la luz pistas sobre la horrorosa criatura que veneran, Cthulhu. Este ser, que supuestamente llegó con sus seguidores extraterrestres desde las estrellas millones de años antes de la aparición del Hombre, ahora descansa en un sueño profundo en su ciudad hundida R´lyeh. La segunda parte de la historia empieza con el recuento de la bitácora de un primer oficial en un barco que descubre la ciudad hundida, ya emergida a la superficie en el Océano Pacífico. La ciudad emergió porque "las estrellas eran propicias" y el tiempo para el despertar de Cthulhu y sus engendros había llegado.