Si consigues las 120 estrellas, en el patio del castillo se habilita un cañón. Si apuntas al techo del castillo, llegaras a un lugar secreto en el que se encuentra Yoshi, quien te obsequia 100 vidas.

Una vez ganado el juego y que han pasado los créditos, hay una pequeña escena más que da pie a la continuación de la próxima entrega.

En el nivel de Tomahawk Man existe una habitación secreta en la que si ingresas, Protoman te entrega el Energy Balancer (sirve para que cada vez que agarres cargadores de armas, este sea derivado a la que tiene menos energía, sin necesidad de seleccionarla previamente)

En esta entrega se produce la primer aparición de Eddie, un robot ayudante que aparece en algunos niveles para proveer a Megaman con objetos de ayuda (Vidas, tanques de energía)

Es la primer entrega en la que Megaman puede deslizarse para pasar por lugares pequeños.