Es un nuevo mundo a explorar, está separada de la región de Kanto, de la primera generación. En Johto hay 100 nuevos pokémon, una nueva versión de Pokédex, unas plantas con Bayas (para recuperar salud o cambio de estado de nuestro pokemon) y Bonguri (para fabricar Pokebolas), otras plantas que el pokémon puede golpear (con Cabezazo) y salen Pokemon salvajes. Hay una guardería que permite criar a dos pokémon de géneros opuesto y así tener descendencia (si son compatibles). En la aventura hay un nuevo rival, mucho más agresivo, incluso el pokémon de inicio esta ocasión le es robado al nuevo profesor Elm (sustituto de Oak). En esta región destaca que hay tres pokémon legendarios que vagan y no permanecen en un sitio fijo: Entei, Suicune y Raikou.