En los años venideros de las Guerras Clon la Federación de Comercio ha ido tomando el poder lentamente y ha convencido a otros sistemas de que se unan a la CSI y destituyan a la República, debido a su corrupción y debilidad. Sin embargo, antes de que todo esto pasase la Federación de Comercio ha empezado la investigación de armas de destrucción masivas. El Conde Dooku le encarga la tarea a Cavik Toth de asegurar el sistema Karthakk para poder desarrollar el Arma TriHexalon, que podría dar como resultado victoria separatista. El Consejo Jedi sospecha de que este sistema está siendo utilizado para realizar operaciones ilegales, así que encarga a la Maestra Jedi Adi Gallia de que averigue que está ocurriendo.